情報ネットワークとサイボーグ（義体）技術の発達により人々の意志が電脳に繋がれた近未来。多発する電脳犯罪を未然に察知し、それを除去するために組織された攻性の独立部隊、通称ー攻殻機動隊ー。『新劇場版』が描くのは、草薙素子の過去と“攻殻機動隊”の誕生。なぜ草薙は自らの部隊を求め、戦うのか。なぜ過去ある“はぐれ者”たちは草薙に従うのか。全てのはじまりが明らかになるーー。